Puoi fare cosi. Ma è un po' difficile da capire.

codice:
<div id="frase">
Mi sa che ieri sera eri di fretta<br>
 guarda che ti sei persa la scarpetta<br>
 io stamattina l’ho trovata<br>
 con la carrozza ieri sei scappata<br>
E’ stato bello insieme a te danzare,<br>
 il Cuore tu mi hai fatto sussultare .<br>
</div>
<script>
var elemento       = document.querySelector("#frase");
var frase          = elemento.innerHTML;
elemento.innerHTML = frase.replace(/(\w{3})([\s\.\,]*<br\>)/gmi, "<span style='background:yellow'>$1</span>$2"); 
//alert(elemento.innerHTML );
</script>