Attivare i log della GC

[andbin]

però non ho ancora capito come dovrei attivare questi parametri.

Questi parametri si passano al "java(w).exe" (o equivalente per altro SO) esattamente come si passano altri parametri (es. -jar ecc..) quando si avvia una applicazione Java.

Se la JVM viene avviata per un Servlet-container o Application-Server, la questione è solo individuare dove/come viene eseguito il comando di avvio. Ad esempio se si usa una installazione "pulita" di Tomcat, usando i suoi startup.bat/.sh, questi script (il catalina.bat/.sh per la precisione) prevedono la possibilità di usare una variabile di ambiente JAVA_OPTS in cui puoi mettere tutte quelle opzioni.
Se fosse un altro server .... è da valutare.

ho visto che su windows c'è il pannello di controllo per le impostazioni java.

Se le metti lì, in questo momento non ricordo se valgono solo per le "applet" o se in generale per qualunque applicazione avviata con quel runtime.