Stesso file .java funziona su IDE ma non da prompt

[andbin]

ma in esecuzione la virtual machine continua a non trovare la classe principale.

Qui è solo questione di vedere cosa stai avviando, come e da dove.

Resto basito del fatto che un linguaggio avente come punto di forza la portabilità multipiattaforma compili o non compili lo stesso codice a seconda se si usa un IDE o la riga di comando.

Non c'è bisogno di prendersela con la portabilità o altro. Usare direttamente i tools del JDK è chiaramente diverso dall'usare un IDE. Eclipse ad esempio ha il suo compilatore java interno e normalmente compila con quello. Inoltre gli IDE in generale (che usino il compilatore del JDK o no) possono comunque avere settings preconfigurati e/o impostabili riguardo come trattare errori e warning.