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Qui è solo questione di vedere cosa stai avviando, come e da dove.
Il mio file .java ha una sola classe, quella omonima del file stesso, non c'è molto da decidere cosa avviare: javac genera un unico file .class; l'unica differenza tra NetBeans e prompt è che l'IDE posiziona i .class in una cartella dedicata diversa da quella del .java.
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Non c'è bisogno di prendersela con la portabilità o altro. Usare direttamente i tools del JDK è chiaramente diverso dall'usare un IDE. Eclipse ad esempio ha il suo compilatore java interno e normalmente compila con quello. Inoltre gli IDE in generale (che usino il compilatore del JDK o no) possono comunque avere settings preconfigurati e/o impostabili riguardo come trattare errori e warning.
In NetBeans è impostato il path del JDK da usare, che è il medesimo che ho indicato come variabile d'ambiente in Windows per invocare i comandi Java da prompt.
I warning li ho sempre lasciati come preimpostati... Che eventualmente l'IDE non li visualizzi tutti è un conto, ma forse il problema è un altro: il .class di un .java generato da NetBeans sembrerebbe diverso dal .class dello stesso .java generato col comando javac, il che contrasta non poco con la filosofia della portabilità.