Stesso file .java funziona su IDE ma non da prompt

[andbin]

Il mio file .java ha una sola classe, quella omonima del file stesso, non c'è molto da decidere cosa avviare: javac genera un unico file .class;

Se non ha neanche la dichiarazione di package, allora è pure più semplice:

javac NomeClasse.java

java NomeClasse

(ammesso che non ci siano grane sulla configurazione del CLASSPATH, che ovviamente non posso sapere cosa hai)

è che l'IDE posiziona i .class in una cartella dedicata diversa da quella del .java.

Sì, gli IDE di norma tengono ben separati i sorgenti dai file generati. E per buone/ovvie ragioni.

il .class di un .java generato da NetBeans sembrerebbe diverso dal .class dello stesso .java generato col comando javac

Lo dici in base a cosa?