Io con entrambe le mie versioni ottengo 39:19:39


codice HTML:
<script>
// versione 1
var a = 1490926980000 - 1487486640000;
a = a /1000;
giorni  = parseInt(a/86400);
resto   = a - (giorni * 86400);
ore     = parseInt(resto/3600);
resto   = resto - (ore *3600);
minuti  = parseInt(resto/60);
resto   = resto - (minuti *60);
secondi = resto;
alert(giorni+'-'+ore+'-'+minuti+':'+secondi);


// versione 2
var a = 1490926980000 - 1487486640000;
a = a /1000;
giorni  = parseInt(a/86400);
resto   = a%86400;
ore     = parseInt(resto/3600);
resto   = resto%3600;
minuti  = parseInt(resto/60);
secondi = resto%60;
alert(giorni+'-'+ore+'-'+minuti+':'+secondi);
</script>