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Sei sicuro di utilizzare un sistema operativo a 64 bit, e un mysql sempre a 64bit?
Perchè mysql 5.1 è molto vecchio, forse è a 32 bit, nel qual caso potrebbe essere quello il limite.
Allora, sistema operativo a 64 bit e mysql a 32 bit. Ho quindi disinstallato mysql e reinstallato a 64 bit. Adesso sono riuscito a portare il valore a 6GB. Purtroppo però a quanto pare non è comunque sufficiente per far girare la query in tempi decenti...