Il punto sta nel fatto che:

1) Il codice php che sta in accendi.php e spegni.php è fisso su una data porta GPIO, quindi accenderai e spegnerai sempre e solo quella; devi invece passare ad accendi.php e spegni.php un parametro che gli dica cosa accendere o spegnere:

accendi.php?port=17

<?php system("gpio -g mode ".intval($_GET["port"])." out"); system("gpio -g write ".intval($_GET["port"])." 1");?>

(nota che sarebbe meglio controllare di più che cosa viene accettato in $_GET["port"])

2) il tuo javascript deve per ogni bottone accendi/spegni passare la giusta porta GPIO che corrisponde al led che vuoi accendere.