Secondo me non esiste una funzione nativa di PHP che faccia ciò che chiedi, almeno non mi è mai capitato di averci a che fare.
Molto pià probabilmente dovrai scriverla tu, basta ciclare sull'array ed un po' di controlli if per capire gli elementi con mese ed anno uguali per poi metterli nell'array di destinazione, che aggiornerai ad ogni iterazione sull'array di partenza.

Prendi la prima data e la metti nell'array di destinazione, guardi la seconda, verifichi nell'array di destinazione se c'è una data con setesso mese ed anno, se c'è aggiungi il giorno, se non c'è inserisci una nuova entry con la data corrente e così via.