Java si basa sul concetto di "classpath", che banalmente è un semplice elenco di directory e/o file .jar in cui la JVM può andare a cercare classi/risorse.
Quindi devi semplicemente apprendere come impostare il classpath, che vale ed è importante soprattutto se usi i tools del JDK "a mano".
I jar non vanno di norma scompattati, se sono jar dei "binari".
Casi particolari di jar che ha senso scompattare: quelli contenenti sorgenti o documentazione javadoc (tipici quelli che provengono da repository Maven). Altrimenti è chiaro che con questi non ci fai granché.![]()