Uso ed ho usato IntelliJ IDEA relativamente poco e solo per piccoli progettini miei di "studio". Quindi non lo conosco ancora tantissimo.
In Eclipse, che conosco meglio, c'è una distinzione tra build "completo" e build "incrementale". Un conto è chiedergli un (re)build completo, altrimenti Eclipse di norma fa un build incrementale, cioè compila il minimo e solo quando salvi un sorgente.
In IntelliJ onestamente in questo momento non so. Prova a vedere la configurazione del progetto per verificare se ci sono voci che parlano di build completo vs incrementale. Appena ho più tempo apro IntelliJ e guardo un po'.
E comunque, lo ribadisco, se la tua è una applicazione standalone, in ogni caso devi terminarla poi riavviarla. Non c'è un aggiornamento "a caldo" della applicazione.