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come IDE uso intellij e il progetto è basato su maven, la cosa che mi lascia perplesso è che per ogni parte scritta devo ricompilare tutto e in fase di debug per ogni prova bisogna ricompilare sempre tutto, non sono un esperto forse c'è un modo piu semplice e veloce per farlo, pensavo si potesse compilare i file singolarmente e non tutto il progetto.
Uso ed ho usato IntelliJ IDEA relativamente poco e solo per piccoli progettini miei di "studio". Quindi non lo conosco ancora tantissimo.
In Eclipse, che conosco meglio, c'è una distinzione tra build "completo" e build "incrementale". Un conto è chiedergli un (re)build completo, altrimenti Eclipse di norma fa un build incrementale, cioè compila il minimo e solo quando salvi un sorgente.

In IntelliJ onestamente in questo momento non so. Prova a vedere la configurazione del progetto per verificare se ci sono voci che parlano di build completo vs incrementale. Appena ho più tempo apro IntelliJ e guardo un po'.

E comunque, lo ribadisco, se la tua è una applicazione standalone, in ogni caso devi terminarla poi riavviarla. Non c'è un aggiornamento "a caldo" della applicazione.