ok ho capito.

solo che nel mio caso penso che ragiono al contrario.
nel senso che il flag articolo_abilitato nella tabella articoli (quella principale) non avrebbe molto senso di esistere.
in quanto non è possibile che un articolo sia abilitato / disabilitato per tutti i magazzini contemporaneamente.

ognuno si deve gestire quel flag in completa autonomia.
quindi mi viene da pensare di usare quella tabelle come hai detto te (senza flag), ma di non passare per il campo articolo_abilitato.

in teoria basterebbe fare una join tra le due tabelle.
se l'articolo non c'è, la join non lo tira fuori!