Ciao, prova così, poi farai i tuoi metodi:
public static void main(String[] args) {
int[] a1 = { 1, 3, 5, 6, 8 };
int[] a2 = { 3, 2, 5, 8, 9 };
int conta = 0;
for (int i = 0; i < a1.length; i++) {
for (int j = 0; j < a2.length; j++) {
if (a1[i] == a2[j])
conta += 1;
}
}
System.out.println("valori uguali n. " + conta);
}