Probabilmente il problema dipende dal fatto che il fili INI risiede nella stessa cartella del programma installato in C:\Program Files (x86)\<TuaApp>.
Ho indovinato?
Se così quando l'utente accede con i diritti di amministratore, riesce ad accedere al file; in caso contrario non riesce, e quindi il tuo programma non legge l'impostazione.
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