Si si può fare!
Se la variabile e js puoi passarla cosi alla funzione TuaFunzione(TuaVariabile) oppure renderla globale cioè dichiararla al di fuori della funzione var MiaVariabileGlobale=Valore; MiaFunzione(){....}.
Se la variabile e php devi richiamare la pagina php che genera la variabile con ajax (vedi google per maggiori dettagli su ajax) per passarla alla funzione.