codice:
SELECT 
   prodotti.idMarca, 
   SUM(vendite.prezzo) 
FROM 
   vendite 
   INNER JOIN prodotti ON vendite.idProdotto = prodotti.id 
GROUP BY 
   prodotti.idMarca 
ORDER BY 
   SUM(vendite.prezzo) DESC 
LIMIT 
   0, 5
come ha detto badaze, controlla di avere gli indici sui campi in JOIN. A meno che non stamo parlando di milioni di righe, al che mezzo secondo in locale ci sta