uhm da quanto ho capito non c'è uno standard vero e proprio (ma potrei sbagliarmi).

i formati più usati che ho visto sono:
- xml
- json
- righe CHIAVE=VALORE (tipo i file .ini)
- yaml (l'ho incontrato poche volte in verità)

sul dove metterli, ti direi:
- se è una configurazione globale di sistema in /etc o /etc/nome_programma
- se è una configurazione dell'utente in /home/utente o /home/utente/nome_programma