2) Controlla gli eventuali script che ricevono dati via POST o GET
se ad esempio hai un form che invia tramite post un campo di nome "email", con register_globals attivo (e nella versione 4 lo era) lo puoi recuperare semplicemente con $email, con tale direttiva disattivata invece devi usare $_POST['email']. Analogamente per i parametri get.

3) per esempio se si usano le funzioni ereg_ queste vanno sostituite con le preg_

Ad ogni modo, metti su un ambiente di sviluppo in locale sul PC, ad esempio installando XAMPP, scarica i file del sito e provalo, i problemi e la loro descrizione ti verranno mostrati usandolo e ti renderai conto di cosa devi cambiare.