Ci sono 2 casi a seconda di ciò che intendi per "interagire".

1) Dalla pagina index.html vuoi passare a visualizzare pagina.php
in questo caso basta mettere un link dentro a index.html del tipo
<a href="pagina.php">link</a>
cliccando sul quale si va su pagina.php, che sarà una nuova pagina

2) vuoi importare una pagina php all'interno di una html
questo non si può fare, il codice php non verrebbe interpretato, sarebbe trattato come semplice testo

E' possibile inserire codice HTML in una pagina PHP, ma non si può inserire codice PHP in una pagina HTML.

Per la pubblicazione, basta copiare i file così come ce li hai sul tuo PC all'interno della root dello spazio web online, lì di solito la cartella si chiama public_html, ma non farti ingannare dal nome, puoi metterci qualsiasi tipo di file.
Essendo all'inizio avrai un sito semplice con pochi file e puoi tenere tutto in una cartella o al limite prevedere le cartelle js dove mettere i file javascript e css dove mettere i fogli di stile, poi andando avanti ci sarà da organizzare un po' meglio la posizione dei file, ma è solo questione di comodità, non c'è nulla che ti vieta di tenere tutto mischiato, basta che ci capisci tu.