Senza vedere il codice è un po' dura, a memoria problemi del genere mi sono capitati in due circostanze:

- Alcuni componenti hanno uno sfondo trasparente (o in parte trasparente), cosa che swing "di base" non sa gestire bene (ma basta metterci un attimo mano).
- L'applicazione sta lanciando una serie lunga di eccezioni (ma dovresti essertene accorto se hai la console aperta), quindi il painting va in palla perché a monte c'è qualcosa che causa il problema.

Se il codice è troppo lungo da postare dovresti riuscire a isolare il problema (magari bastano due pannelli) e fare un esempietto giocattolo su cui possiamo mettere le mani, o postare tutto il codice se riesci.