Consiglio per il momento di usare Java 8. Java 9 è uscito "ufficiale" solo da pochi giorni e gli IDE non hanno ancora un supporto completo. Java 9 introduce il concetto di "modularizzazione" che prima non esisteva e questo cambia un po' le carte in tavola.
Personalmente sto aspettando che esca un libro O'Reilly proprio sulla Java 9 Modularity per capirne di più. Non ho ancora provato Java 9 con Eclipse, comunque se vuoi andare avanti con Java 9, leggi almeno questo:
Configure Eclipse for Java 9 - Eclipsepedia
C'è infatti una procedura da fare. E come dice l'articolo, tra due settimane dovrebbe uscire una nuova versione di Eclipse per cui tale procedura non serve più.
Quindi: consiglio Java 8, perché se stai "iniziando" con Java non dovrebbe farti alcuna differenza. Se invece vuoi propriio tentare con Java 9 .... vedi e verifica bene cosa fare.