Beh per forza di cose la direttiva autoload la devi specificare altrimenti lui non può sapere come creartelo correttamente.

Anche se non capisco perché dovrebbe essere utile in un ambiente che non sia modulare (in cui quindi hai plugin o moduli gestiti separatamente) puoi utilizzare questo plugin per avere dei file composer.json multipli:
https://github.com/wikimedia/composer-merge-plugin

Ma ripeto, non vedo il perché. Un singolo file nel 90% dei casi è una soluzione migliore.