Da ciò che dici che il problema è far colloquiare Arduino ed un webserver, in questo PHP non c'entra.
PHP entrerà in gioco quando Arduino sarà in grado di inviare correttamente i dati e quei dati li recupererai con $_GET come faresti per recuperare i parametri da una URL, che è effettivamente ciò che succederà, lato server vedrai che arriva un URL con dei parametri GET appesi.