Ciao!

Non ho mai usato CsvReader e non vedo un metodo nella documentazione (spero stiamo parlando della stessa classe/versione) per resettare il lettore, ma guardando un po' online mi par di capire che, almeno per il BufferedReader, si consiglia di creare un nuovo oggetto piuttosto che cercare un modo per "farlo ricominciare dall'inizio".

Ma se fossi in te io non ricomincerei la lettura dall'inizio, mi pare poco logico e molto più oneroso. Perché non salvi l'intero file in un'adeguata struttura dati e poi non fai le ricerche su di essa? Non sono un esperto ma io farei in questo modo, usando magari una mappa, magari prova a fare un esempio di cosa contiene il file e cosa puoi voler cercare (potresti postare anche qualche riga) e vediamo se questa soluzione può andare bene.