Entrambe possono funzionare, la seconda è probabilmente un po' più robusta, ma anche la prima dovrebbe funzionare decentemente (a patto di flushare per bene prima di rinominare), ed è banale da mettere in piedi.

Un'altra soluzione ancora più banale può essere quella di far avviare il programma lato Linux direttamente dal software lato Windows: quando questo ha finito di elaborare il file, si collega via ssh (puoi usare PuTTY) e lancia il programma Linux sul file appena creato.