Ciao, ho provato a riprodurre la situazione secondo quanto hai postato ma non vedo il problema.
Qui il test su bootly.
Cliccando sul pulsante si apre la finestra modale che viene regolarmente chiusa dopo qualche secondo. In questo caso avverrà sicuramente un errore dopo la chiamata Ajax perché l'url è fittizio, ma in qualunque caso verrebbe comunque eseguito il .modal('hide').

Io non vedo il problema. Potrebbe essere altrove da qualche altra parte nel tuo progetto.