Ho dato un'occhiata più approfondita e penso proprio che operi con un sistema operativo più recente ...

Da Windows Vista in poi i servizi lavorano in Session 0 e tutto il resto da Session 1 in poi. Quindi le funzioni di tipo

FindWindow...

non possono trovare le finestre perché la ricerca non avviene tra sessioni.

Non c'è modo per superare questa difficoltà.

Puoi usare un Task Schedulato al posto di un servizio.