Fammi capire meglio.
L'utente fa il login, nel file login.php hai il require di funzioni.php

Del file elenco.php, che usa cripta(), fai l'include in login.php oppure ci vai con un click su un link come se fosse prorpio una nuova pagina da visualizzare?
Se ci vai seguendo un link, nel file elenco.php c'è da qualche parte l'include di funzioni.php?