per quel che riguarda il css è folle chiamare tutta la struttura bootstrap per un solo div, puoi far di maglio. ad esempio settare tu i valori che ti interessano.

per quel che riguarda js sappi che "normalmente" le librerie vengono lette in maniera sequenziale, quindi l'ultima ad essere letta è quella che poi la pagina esegue. a volte ci sono conflitti a volte no... in ogni caso sarebbe bene correggere il tuo script perché si possa appoggiare sulle librerie già invocate.

se puoi essere più preciso forse ti si può aiutare di più.