Ho risolto. Questo è il blocco interessato...
codice:
			for (int d = 2; d <= intero; d++) {
				if (intero%d == 0) {
					fattori.add(d);
					intero = intero/d;
					while (intero%d == 0)
						intero = intero/d;
				}
				
			}
Ho anche risparmiato una String, passando come argomento del parseInt direttamente myInput.readLine()