mi fa venire in mente che gli stai dicendo di non eseguire la compressione, ma solo un encoding con gzencode(), quindi mi sembra giusto che si ottenga un file non compresso.
ora, rimuovendo header('Content-Encoding: gzip'), funziona sia con ini_set su Off che su On
Non mi è chiaro però: la compressione del file con gzencode() può avvenire sia se il parametro di php.ini è attivato o disattivato?