Che approccio usa l'interfaccia utente della tua applicazione? Stai usando una Form di tipo MDI Container?

Se usi MDI (Multiple Document Interface), tipo i vecchi programmi Office, è normale che le finestre figlie (MDI Child) riflettano tutte lo stesso stile utilizzato dalle altre nell'apertura.

Se invece apri una finestra modale (usando il metodo ShowDialog), ciò non dovrebbe accadere, a meno che tu non abbia messo l'attributo Maximized anche sulla finestra che stai aprendo; in quel caso, direi che la soluzione è ovvia: correggi la proprietà.

Ciao!