Ciao, eseguendo semplicemente un mysqli-result.fetch-assoc avrai già il tuo array coi risultati riga per riga. Se l'array mostrato nel tue esempio l'hai scritto a mano e vuoi che ci sia l'ID in questo caso a monte di ogni record ritrovato, potresti ciclare l'array per creare quello nuovo (non conosco la necessità della tua formattazione ma nel singolo record hai già l'id e tutto il resto ).
codice:
........
$newArray = array();
while ($row = mysqli_fetch_assoc($result)) {
        $newArray[$row["id_prodotto"] = $row;
        unset($newArray["id_prodotto"]); //rimuovo id prodotto
    }