Prova con GetForegroundWindow
https://msdn.microsoft.com/it-it/lib...(v=vs.85).aspx
se intendi sapere se la finestra è sopra a tutte e riceve l' input.
Se invece vuoi sapere se è TUTTA visibile anche se non riceve l' input... potresti provare controllando la WindowFromPoint
https://msdn.microsoft.com/it-it/lib...(v=vs.85).aspx
in diversi suoi punti.