Oltre al particolare barcode che stai usando (io personalmente lo evito come la peste) i problemi di più rapida analisi possono essere nell'encoding ascii.
1) vista la particolarità del barcode i due lettori lo supportano?
2) supportano l'extended?
3) hai switchato i due lettori per leggere quei codici?
4) il keyboard type nel lettore è corretto?
5) hai provato a resettare i 2 lettori con apposito barcode?