Stai facendo confusione tra i file css e quelli scss.

Tu hai dei file Sass con estensione scss, questi file per essere utilizzare devono essere processati e trasformati in file css d usare poi con il tuo tema.

Di solito la struttura di questi file è così:

Nella cartella source ci sono i sorgenti, possono essere framework come bootstrap o librerie tipo fontawesome, di solito non vengono toccati, almeno non prima di averli spostati.

Questi sorgenti vengono copiati nella cartella scss che è quella di lavoro, e strutturati per essere processati insieme (di solito con tool tipo grunt/gulp). E' qui che di solito si fanno le modifiche. Per capire come sono organizzati i file scss forse ti farebbe bene leggerti un tutorial, ne trovi alcuni anche su html.it

Dopo aver modificato i file nella cartella scss, li processi con il tool Sass che ti genera uno o più file css da usare nel tuo tema. (Anche qui puoi automatizzare quasi tutto con grunt/gulp)