Ciao Mirko,
grazie per la risposta.

Immaginavo che fosse come dici tu...
I settaggi all'interno di Impostazioni > Media sono presenti, per il caricamento delle stesse è stato usato il plugin Visual Composer che sicuramente bypassa quelle configurazioni.

Adesso che ho sostituito le immagini ridimensionate via FTP cosa mi conviene fare?

Il plugin Regenerate Thumbnails invece crea le miniature delle immagini caricate secondo i settaggi presenti in Impostazioni > Media?
Eventuali altri settaggi inseriti nel functions.php vengono presi in considerazione?

Grazie.