dopo che hai la lista di parole univoche per ogni file, scorrila, aggiungi ogni elemento della lista come chiave e come valore setta di default una lista che conterrà i nomi dei file che andrai ad "appendere"

la cosa a cui devi prestare attenzione è gestire la presenza o meno dell'elemento nel dizionario (e se leggi bene, ti ho dato uno spunto per il metodo da usare nella frase precedente)...

e ricordati di rendere tutte le chiavi minuscole o maiuscole (cosa che non mi pare tu faccia al momento)