Il plugin Regenerate Thumbnails (nome forviante) rigenera tutti i formati e non solo le thumbs.
Se visual composer bypassa o meno non saprei, non so se c'e' una pagina admin dedicata per le dimensioni media al suo interno. Magari si basa sulle stesse dimensioni impostate da Impostazioni -> Media (alla fine i settaggi sono tutti salvati nel database).
Se in function.php sono state aggiunte delle immagini con le funzioni apposite di WP probabilmente dovrebbero risultare nella pagina impostazioni un po' come da questo esempio: https://premium.wpmudev.org/blog/add...zes-wordpress/

Dopo il settaggio delle dimensioni massime puoi ancora caricare immagini di qualsiasi dimensione? Hai provato a settare la dimensione massima in upload per evitare caricamenti di questo tipo?