Non è tanto importante come è stato creato (nel senso di quali passi manuali sono stati fatti, cliccando o scrivendo cosa o dove).
Quando si "eredita" un progetto da altri, la prima cosa importante da capire è che cosa si ha davanti, quale è la tipologia di progetto e come è stata affrontata la fase di build del progetto (ed eventualmente deploy).
Ha un pom.xml? Allora si presume un progetto Maven. Ha altro/i file di build particolari oltre ai .classpath/.project che sono specifici di Eclipse? Se è un classico "Dynamic Web Project" invece c'è di norma una directory WebContent nella cartella principale del progetto.
Inoltre è bene dire che tu non dovresti affatto andare a mettere "a mano" file o jar direttamente nelle directory di Tomcat. Questo ci penserà il "deploy" a farlo. I jar li devi prima mettere innanzitutto nel tuo progetto.