Così non andrai mai oltre 2 come id.
Hai scritto:
se l'id è diverso da 1 (quindi per esempio 2) impostalo a 1
altrimenti ( quindi se è pari a 1) incrementa di 1 (e diventa 2)
quindi la tua sequenza di id sarà
1 (incrementa) -> 2 (imposta 1) -> 1 (incrementa) -> 2 (imposta 1) -> 1...
La decisione se incrementare o no devi farla sull'anno.
Inoltre devi anche considerare il caso in cui sia il primo inserimento dell'anno, in tal caso non hai ancora nessun id per l'anno, quindi la query restituirà il resultset vuoto e $r['id_annuale'] ti darà l'errore undefined index.
Prima di tutto devi verificare se la query ha pescato qualcosa o no, il caso "no" è appunto se si tratta del primo inserimento.