bhe inserimento automatico a prescindere dal formato del file (excel, word, txt, ecc) e a prescindere dalla struttura del file, la vedo dura!

dovresti quanto meno standardizzare i dati che ricevi.
io avevo una problematica simile, ed ho standardizzato i dati più o meno seguendo questi passi:
1) mi mandate solo ed esclusivamente file excel/csv, levando tutti i formati come pdf, word, ecc
2) i file devono avere queste colonne; eventualmente se alcuni dati mancano, me le lasciate vuote
3) infine, crei un programma che si legge questi file e li elabora come ti servono

se invece devi ricevere file di tutti i tipi e formati, senza nessuna regola, la vedo dura.