Benvenuto.
Il tuo problema è con Javascript, PHP vive sul server, quindi non sa nulla di ciò che accade sul browser.

Le coordinate le devi ricavare con Javascript, l'invio lo devi fare sempre con Javascript con una chiamata asincrona AJAX.
PHP recupera le coordinate con $_GET['...'] e ne deve solo fare l'echo (è così che risponde alla chiamata AJAX), magari mettendo i dati in un array JSON in modo che sia più comodo gestirli, e qui termina.
Ora la palla torna a Javascript che deve recuperare la risposta data da PHP e scrivere nell'iframe le coordinate ricevute.

Ti sposto nella sezione Javascript visto che il grosso va fatto con quello.