Il problema ce l'hai quando fai il fetch dal database a monte di questo codice, mi spiego meglio.

Non so cosa tu stia usando per accedere al db, diciamo pdo. Quando fai il fetch del tuo result set devi impostare il "fetch style" tramite un parametro, se non lo fai pdo di default usa PDO::FETCH_BOTH che di fatto ti da il risultato "doppio". Ovvero nel tuo risultato avrai per ogni set 1 array con indici numerici e 1 associativo, con dentro ovviamente gli stessi dati.

Per ovviare al problema ed avere solo un array associativo dovrai passare alla funzione fetch() il parametro: PDO::FETCH_ASSOC

Così avrai record singoli e in formato associativo. Anche se non usi pdo il problema è lo stesso, cambiano i nomi delle funzioni ma per risolvere basta che forzi il fetch del record come array associativo e hai risolto.