confrontare valori array e sommare

[boots]

ord_id_appesi lo avresti come chiave
Per avere due valori devi fare:

$array_doppie[]= array('ord_id_appesi'=> $row["ord_id_appesi"] , 'ord_varianza'=> $row["ord_varianza"]); 

Ma poi non puoi usare la in_array().
Visto che vuoi "cercare" ord_id_appesi/ord_id, mettilo come indice e usi la isset (per questo ti chiedevo se era unico)

$array_doppie[$row["ord_id_appesi"]]= 
      array('ord_id_appesi'=> $row["ord_id_appesi"] , 'ord_varianza'=> $row["ord_varianza"]);

if(isset($array_doppie[$row['ord_id']])){
   if($array_doppie[$row['ord_id']]['ord_varianza'] > $row['ord_varianza']){
      ...
   }else{
      ...
   }    
} 

Dato che però volevi lavorare su ord_varianza, l'ho rimosso e passato solo come indice semplificando il codice.
Se ti servono entrambe, il codice sopra dovrebbe andar bene