Se usi la funzione di jQuery .html() ogni volta il tag viene riscritto, se vuoi stamparli tutti usa .append()

Questo il codice in jQuery, ho sostituito il for con un each().

codice:
var codiceFra = $('.codex').text().split(" ");
$.each( codiceFra, function( key, value ) {
    $('#monitor').append('<code>' + value + '</code>');
});

Come dice giustamente Floky il tag code è di tipo inline, quindi il risultato viene tutto su una riga, ma se guardi il codice ogni parola è messa correttamente dentro il suo tag <code>