Sì. Questa è la strada a cui pensavo anch'io. Funzionerebbe per un sito statico; il problema è che io sto provando a rifare il sito per renderlo responsive; dunque, quando il viewport viene ridimensionato anche il top del blocco contenuti deve cambiare.
Credi sia possibile impostare un height per il blocco header, in modo da usare le percentuali?