Quando dici "non vedo più il file", intendi che non lo vedi nel Solution Explorer oppure che lo vedi ma che non riesci a mostrarlo nella classica interfaccia di progettazione di Visual Studio?

Per risolvere, potresti farne una copia, toglierlo dal progetto e provare a reinserire il Form.

Sulle cause del difetto, mistero della fede...