Il layout del sito lo sto rivedendo per renderlo responsive: in prima battuta sono riuscito a ottenere con poche difficoltà una nuova disposizione degli oggetti per schermi desktop, i problemi stanno insorgendo introducendo le media query.
Capisco, non è semplice se non si parte da una struttura che sia stata studiata per il responsive, ma con un po' di olio di gomito e qualche gugleata si possono comunque raggiungere risultati apprezzabili.

Comunque, se ho ben capito, parlando di far scorrere l'intero body, tu toglieresti il container?
Non necessariamente. Un container principale potrebbe benissimo esserci per ragioni di organizzazione e formattazione del layout, ma lascerei che si estenda in altezza in base ai contenuti, assieme al contenitore centrale (che nella tua pagina chiami main) e al body stesso, in modo che quando i contenuti sbordano dall'area visibile (la finestra del browser), appaia la scrollbar relativa al body. Mantenendo fissi header e footer, ciò che scorrerà sarà il resto dei contenuti nel corpo della pagina (main). In questo caso potrebbe essere utile dare un min-height:100%; al body in modo che non si riduca meno dell'altezza della finestra e la scrollbar resti sempre estesa per l'intera altezza.

Diversi famosi siti utilizzano attualmente un'impostazione più o meno simile dove lo scorrimento è applicato sostanzialmente al body, mentre elementi come header hanno position:fixed.

Giusto per citarne qualcuno:

https://stackoverflow.com/
https://www.w3schools.com/css/default.asp
https://www.youtube.com/

Nota che generalmente ciò che scorre è l'intero contenuto dentro il body (che ha la relativa scrollbar visibile sulla destra della finestra), fuorché gli elementi che hanno position:fixed.

Ad ogni modo è buono prendere spunto dai più "affermati", perché presumibilmente si ha una maggiore garanzia del funzionamento, ma questa non vuole essere comunque una regola fissa; si è liberi di impostare il proprio layout come meglio si crede, in base alla proprie esigenze ma anche ai gusti personali. Nessuno ti vieta di impostare lo scorrimento solo per il contenitore centrale.