Tuttavia, nelle pagine interne del sito (cui puoi accedere dai link messi qualche ora fa) c'è una struttura dove sfrutto pesantemente lo scrolling su overflow dei div e quindi fare scorrere il body in quel caso la vedo dura se voglio tenere fisso un menù con tutti i link interni alla pagina: non apprezzo particolarmente i layout dei blog in cui l'articolo scorre assieme alla colonna con i vari widget...
Chiaro, in questo caso però si potrebbe pensare all'uso di qualche soluzione con un po' di JavaScript per creare una via di mezzo. Prendo come esempio un altro consolidato sito, facebook, dove le colonne laterali, pur scorrendo assieme al resto dei contenuti (cioè rispondono all'azione di scrolling del body), si "bloccano" quando il loro limite inferiore raggiunge il bordo della finestra e scorrono comunque in modo slegato dal contenuto, cioè risondono istantaneamente alla direzione di scorrimento. In questo modo, pur scorrendo assieme al contenuto, restano comunque sempre facilmente accessibili. E' sicuramente una soluzione funzionale ed evita la presenza di barre di scorrimento "ridondanti" che, come tu stesso affermi, finiscono per fare a pugni col layout.

E' giusto un idea.

Al momento ho messo position: fixed all'header e funziona alla grande
Bene

devo adesso studiare come far salire il nav assieme (dato che sta nell'header), senza chiaramente lasciare giù tutto il main che peraltro deve scorrere!
Se il nav sta subito dopo il logo, senza applicare ulteriori regole di posizionamento gli resterà comunque "appiccicato", cioè salirà quando il logo va a ridursi in altezza.

Però, riguardo al main,se questo è absolute e/o se header è fixed, il discorso è sempre lo stesso, resteranno "slegati" tra loro (perché vengono tolti dal normale flusso dei contenuti) rendendo impossibile (quantomeno col solo CSS) il calcolo della posizione in base agli ingombri degli stessi elementi in gioco.

Una soluzione è quella di mantenere comunque un'altezza "prestabilita" per l'intero header; al massimo potrebbe essere ridefinita nei vari breakpoint, in base a come supponi che vengano disposti gli elementi al suo interno. Non vedo troppe alternative a meno che non vuoi andare di JavaScript, ma mi pare una cosa inutilmente macchinosa in questo caso perché l'apporto estetico/funzionale sarebbe relativamente minimo.

Grazie ancora per gli spunti interessanti!
Figurati
Buon proseguimento